Nagasaki, 1633: l'indomito padre gesuita Cristovao Ferreira, che da anni si batte in Giappone per diffondere il cristianesimo, ha rinnegato la vera fede ed è diventato un apostata: questa è la notizia sconvolgente che giunge a Roma. La Compagnia del Gesù decide allora di inviare in Oriente due giovani fratelli, Sebastian Rodrigues e Francisco Garrpe per compiere un'indagine all'interno della chiesa locale. I due gesuiti però, partiti pieni di ideali e di entusiasmo, si scontrano ben presto con la dura realtà del Giappone dei Tokugawa e delle persecuzioni. I sospetti cristiani vengono costretti dalle autorità giapponesi a calpestare immagini sacre: chi si rifiuta viene torturato e ucciso, mentre chi accetta viene deriso e costretto a vivere ai margini della società, rifiutato tanto dalla comunità cristiana quanto dai giapponesi. La vita in Giappone si fa sempre più difficile per Rodrigues che ora vive in prima persona le persecuzioni e che finisce, evangelicamente, per essere tradito dall'amico Kichijiro, il suo "Giuda", mentre implora Dio di rompere il suo "silenzio".